भाजपा सूत्रों के अनुसार, मगन सिद्दीकी के खिलाफ यह कदम अनुशासनहीनता और पार्टी लाइन से अलग धार्मिक मामलों में सक्रियता के कारण उठाया गया है। उनके निष्कासन के पीछे विश्व हिंदू परिषद और बजरंग दल के खिलाफ दिए गए बयानों को भी कारण माना जा रहा है। पार्टी अपनी सनातनी छवि बनाए रखने के लिए यह निर्णय लिया है।
निष्कासन पर प्रतिक्रिया देते हुए सिद्दीकी ने भाजपा महानगर अध्यक्ष प्रभात साहू पर व्यक्तिगत दुर्भावना का आरोप लगाया और कहा कि उन्हें बिना किसी नोटिस या कारण के निष्कासित किया गया है। दूसरी ओर, प्रभात साहू ने इन आरोपों को खारिज करते हुए कहा कि यह निर्णय प्रदेश नेतृत्व के निर्देशानुसार लिया गया है, और सिद्दीकी के खिलाफ पूर्व में भी पार्टी विरोधी गतिविधियों की कई शिकायतें प्राप्त हो चुकी थीं।